La historia del Popol Vuh es una historia interesante por su valor intrinsica de narrativa, pero, al analizar más profundamente su valor metafórica y simbólica, se puede sacar temas importantes presentados por el escritor. Son este simbolismo y la temática presentada que realmente hacen de Popol Vuh un cuento que muestra más la manera de pensar de los escritores mayos. Lleno de simbolismo, el cuento se centraliza en la importancia del cerebro humano. Demuestra la importancia del cerebro y la inteligencia cuando los dioses cambian los humanos de madera a monos. Quizás está demostrando el autor que los dioses no fueron contentos de la estupidez de sus creaciones de madera; no fueron contentos con la falta de inteligencia, y por eso, crearon una otra raza de animal, una raza que no tendría la misma capacidad de crear que los futuros humanos, y por eso, no tendría la misma importancia en el mundo. Al crear humanos fuertes, hermosos, e inteligentes, los dioses empezaron a ser más y más contentos con sus creaciones. Estos nuevos humanos cultivaron la tierra y crearon civilizaciones. Empezaron a usar la tierra de los dioses gracias a su inteligencia y vemos por otra vez en el cuento que la inteligencia y el cerebro se celebra por el narrador y los dioses. Finalmente, vemos la importancia de la diferencia en inteligencia entre humanos. Vemos con los dos hermanos que, tras sus juegos mentales con los del inframundo, la capacidad de ser más listo que su rival se recompensa en este nuevo mundo creado por los dioses.